CGIのファイルはどこにアップロードすればよいですか

ドキュメントルート(/httpdocs)配下の/cgi-binに設置してください。
/cgi-bin以外のディレクトリに設置する場合は別途対象のディレクトリにcgiを動作させるための.htaccessを設置していただく必要があります。